A：进入香港，再坐船去澳门，再从澳门回香港。这样是不是2次入境香港？只有一次签注的话，就不能从澳门再回香港了？
B：在48小时左右从吉隆坡往返新加坡，在新加坡住一晚。能不能过境签，免费停留48小时？还是说只能持有到第三地的机票才算过境。
C：一个国家的出入境准确时间是从出入机场海关时间算起吗？不是按飞机实际起飞到达时间？在飞机到达后可以迟一点出海关，或者离境时早一点过海关等飞机吗？
D：有了马来西亚签证，飞到吉隆坡，不出机场再飞去第三国，这样的话会不会把马来西亚的签证用掉？
麻烦知道答案的同学回答一下，谢谢。
A，你第一次入境香港的时候，不是坐飞机。所以必须用《通行证》入境和去澳门的时候离境。不这样做的后果好严重。。。。。你第二次入香港是坐飞机为目的，用《护照》入境和离境就可以了。
B：不敢肯定，不过个人认为，你每次飞到吉隆坡都是过境。可以办理过境签。
C：出入境时间是按照你护照上面的入境章计算。你抵达之后从来没有人催你快点入境啊！
D：如果你是廉价航空（例如亚航），不入境无法办理下程登机牌。
提醒，你的《通行证》上必须都有香港和澳门的签证。
你回中国的时候是过境港澳还是直接飞回来？
你的例子在携程和本论坛之前都出现过。
总之：每次出入一个经济体必须是同一本证件。
A问题大概明白了，香港或者澳门，不管是不是两者之间互相往返，还是与大陆口岸之间往返，只要是一进一出就算用完一次签注。
进阶问一下，澳门是不是跟香港一样持中国护照加出发去别国的机票能免费7天过境停留？
比如我想从澳门飞去A国，诺干天后再从B国飞回澳门。那我可以持通行证从深圳进香港，在香港玩几天后，再从香港坐船去澳门（这样就已经用掉了一次香港签注）。船到达澳门后可以用护照加澳门出发机票的方式入境澳门，用过境停留玩几天后飞往A国。这样可以吧？若干天后从B国飞回澳门的时候是不是必须要有澳门签注，否则不能入境？这其中的“若干天”是不是可以不限时间，在外面的其他国旅行多久都行？
B问题实际是：这段时间亚航有吉隆坡飞新加坡的0元机票，比如我想从5号到7号吉隆坡飞新加坡往返，在新加坡玩两天一夜。这样能不能不预先办新加坡签证，吉隆坡飞到新加坡后，不办落地签直接办免费的48小时的过境停留呢？
D问题实际是：如果乘亚航飞机在吉隆坡中转去曼谷，是不是还要先办大马的签证才能在吉隆坡转乘去曼谷的飞机？好像大马也有免费的过境停留吧？还想用这免费的停留机会在大马玩几天再飞去曼谷。
呵呵，问题多了点。不过还是想弄清楚，所以继续发问了。
关于C,好象是不需要办理大马签证的,办理个过境签就可以,过境签是免费的(具体请见http://www.doyouhike.net/forum/326568,83926066,1,0.html)
回答进阶问题（真的看得我有点乱）：《中国护照》持有人，过境香港或者澳门，无论是去还是回都可以免签证7天。（注意：现在港澳的签证政策变了，每次只能过境一个地方，不要从深圳去香港，然后再去澳门坐飞机。不关香港事，所以不能享受过境香港7天。假如你要这样走就必须用《通行证》出入香港。把香港换成澳门，同理。）假如你飞回澳门，几天后到香港坐飞机，两个地方你都属于过境，两个地方都免签证7天。
可以把港澳的“过境”理解为：必须是坐飞机抵达，或者是来坐飞机走。不然的话，只能用《通行证》出入。
B问题：《中国护照》免签证过境新加坡只限于转机飞往欧美日澳新等发达国家。所以你必须办理新加坡签证。马来西亚的过境免签就简单了，前提是必须坐飞机过境。也就是说，你从新加坡回马来西亚，坐飞机入境才可以过境免签。
C：无论你转机去新加坡，还是泰国，还是柬埔寨，还是美国。你都是过境。大马的过境没有新加坡那样限制多多。
A：进入香港，再坐船去澳门，再从澳门回香港。这样是不是2次入境香港？只有一次签注的话，就不能从澳门再回香港了？
从前从香港去澳门只要在7天之内就可以 现在澳门新政策之后很难说 好像不可以了
B：在48小时左右从吉隆坡往返新加坡，在新加坡住一晚。能不能过境签，免费停留48小时？还是说只能持有到第三地的机票才算过境。
这个问题你表述的不是很清楚 我做以下几种假设
1。你从马去新 无新签 ：不可以 新签只有去个别发达国家才有转机免签
2。你从马去新 有新签 想办马过境： 马过境签的要求 有下一程机票并在同一机场离境 陆路和换机场不可以
C：一个国家的出入境准确时间是从出入机场海关时间算起吗？不是按飞机实际起飞到达时间？在飞机到达后可以迟一点出海关，或者离境时早一点过海关等飞机吗？
呆在禁区长时间不入境到时肯定会找你麻烦的 没有办好登机牌也不会让你出境
D：有了马来西亚签证，飞到吉隆坡，不出机场再飞去第三国，这样的话会不会把马来西亚的签证用掉？
如果是在禁区里直接转的不用用 像亚行就不可以
麻烦知道答案的同学回答一下，谢谢。
明白了，谢谢冰雪狂龙、火柴の天堂、supperyang的回答。